Die laufenden Verwaltungsgeschäfte werden hauptamtlich vom Geschäftsführer der UK Bremen wahrgenommen. Der Geschäftsführung direkt zugeordnet sind das Sekretariat der Geschäftsführung, die Interne Revision und der Datenschutzbeauftragte.
Die nachfolgende Ebene der Ablauforganisation der UK Bremen bilden fünf Fachbereiche: Allgemeine Verwaltung, Berufskrankheiten, Regeress, Arbeitsunfälle sowie Prävention.
Die Fachbereiche wiederum sind sachlich unterteilt. Der Fachbereich Allgemeine Verwaltung umfasst die Bereiche Personal, Finanzen, Beschaffung, Öffentlichkeitsarbeit, EDV, Haus- und Grundstücksverwaltung und die Widerspruchsstelle. Im Fachbereich Berufskrankheiten erfolgt neben der Kernaufgabe der Bearbeitung der Berufskrankheiten die Feststellung der Leistungen zur Teilhabe am Arbeitsleben und zur Teilhabe am Leben in der Gemenschaft. Im Fachbereich Regress werden zusätzlich die Klage- und Rechtsmittelverfahren bearbeitet. Der Fachbereich Arbeitsunfälle gliedert sich in die Bereiche Eingangssachbearbeitung, Mittelfall-Sachbearbeitung, DRG-Prüfung, Schwerfallsachbearbeitung und Rehamanagement. Der Fachbereich Prävention unterscheidet nach den Bereichen Aufsicht und Beratung, Seminare und Medien sowie den Präventionsaufgaben für Feuerwehren.
Diese Ablauforganisation veranschaulicht ein Organigramm der UK Bremen.
